Fakultas Ilmu Kesehatan (FIK) Universitas Muammadiyah Palangkaraya (UMPR) merupakan fakultas termuda di UMPR yang didirikan pada tanggal 08 september 2006, 19 tahun setelah UMPR berdiri pada tahun 1987. Gagasan mendirikan FIK UMPR  sudah dimulai sejak tahun 2004 yang dipelopori oleh bapak  dr. Qomaruddin Sukhemi, M.Kes selaku Kepala Dinas Kesehatan Provinsi Kalimantan Tengah saat itu, yang dilatarbelakangi akan tingginya kebutuhan Sumber Daya Kesehatan (SDMK) di Provinsi Kalimantan Tengah terutama bidang  teknologi laboratorium medik (Analis Kesehatan) dan tenaga teknis kefarmasian, yang mana pada saat itu  belum ada institusi kesehatan yang mencetak tenaga-tenaga tersebut, sehingga kebutuhan SDMK masih sepenuhnya bergantung pada Provinsi Kalimantan Selatan dan Provinsi di Pulau Jawa. Di sisi lain sebagai provinsi yang terus  berkembang dan kompleksitas masalah kesehatan masyarakat di Provinsi Kalimantan Tengah maka ketersediaan tenaga kesehatan impor tidak sepenuhnya dapat memenuhi kebutuhan daerah, oleh karena itu atas usulan  Dinas Kesehatan Provinsi Kalimantan Tengah maka  digelar  rapat perdana pendirian FIK UMPR pada pada tanggal 28 Oktober 2004 yang dihadiri oleh pimpinan UMPR dan para praktisi kesehatan di Kota Palangka Raya.

Usaha untuk segera merealisasikan berdirinya PS  D III Analis Kesehatan dan PS D III Farmasi FIK UMPR semakin mantap setelah mendapat dukungan dari Dinas Kesehatan Pemerintah Provinsi Kalimantan Tengah berdasarkan Surat Rekomendasi Nomor: 824/SDK-2/V-2005 tanggal 10 Mei 2005. Seiring berjalannya waktu, pengurusan teknis berdirinya FIK terus dilakukan, sampai pada tanggal 20 Mei 2006 tim visitor dari Badan Pengembangan dan Pemberdayaan Sumber Daya Manusia Kesehatan (BPPSDM) Departemen Kesehatan RI melakukan visitasi lapangan untuk meninjau kesiapan UM Palangkaraya.  Pada tanggal 21 Juni 2006 BPPSDM Departemen Kesehatan RI mengeluarkan surat Nomor: HK.03.2.4.1.02842 tentang rekomendasi pembukaan PS  Analis Kesehatan dan PS Farmasi. Selanjutnya pada 4 Juli 2006 UMPR menerima surat dari Dirjen Pendidikan Tinggi Nomor: 1250/D2/2006 yang berisi persetujuan dibukanya PS Analis Kesehatan dan PS Farmasi; dan  pada tanggal 8 (delapan) September 2006, UMPR kembali menerima surat dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (Ditjen Dikti) Departemen Pendidikan Nasional RI Nomor: 3402/D/T/2006 tentang izin penyelenggaraan PS D III Analis Kesehatan dan PS D III Farmasi pada FIK UMPR. Untuk menunjang efektivitas organisasi dan tata kelola FIK UMPR maka Rektor UMPR melantik dr. Qomaruddin, M.Kes sebagai Dekan FIK UMPR yang pertama  dan dr. Enny Rohmawati. Sp.PK (Ketua PS D III Analis Kesehatan) serta Apt. Dra. Agustinawati, M.Si (Ketua PS D III Farmasi).

Berdasarkan surat dari Ditjend Dikti tersebut maka pada Bulan Agustus 2006,  UMPR melakukan penerimaan calon mahasiswa baru angkatan I  Tahun Akademik 2006/2007.  Pada tanggal 18 Februari 2009, atas nama Direktur Jendral Pendidikan Tinggi, Kopertis Wilayah XI Kalimantan memberikan SK Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan PS D III Farmasi pada UMPR Nomor 1015/D/T/K-XI/2009. Direktur Jendral Pendidikan Tinggi, Kopertis Wilayah XI Kalimantan juga memberikan SK Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan PS D III Analis Kesehatan pada UMPR Nomor 1036/D/T/K-XI/2009 pada tanggal 19 Februari 2009.